Jedná se o jev, při kterém dochází ke spojení dvou mutačních genů na jednom X chromozomu a tím vznikne nová kombinační mutace u alelické série. Děje se to v tom okamžiku, když chromozomy vytvářejí tetrádu. Je možné si představit, jak se tyto chromatidy v určitém místě zlomí a odlomené kousky se znovu připojí k patřičnému místu druhého chromatidu. Jinými slovy připojí se znovu, ale ke špatnému chromatidu. Frekvence, se kterou se tak děje nazýváme rekombinační frekvencí daných gamet. Rekombinační frekvence závisí ve velké míře na vzdálenosti lokusů obou mutací. Jsou-li lokusi na chromozomu od sebe velmi daleko, je i velká šance na jejich oddělení během možného odlomení. Pokud jsou takové geny blízko sebe, šance se zmenšuje. Pozor! Stejně jako dochází s pomocí crossing-over ke spojení dvou mutací alelické série, tak může dojít i k tak zvanému "revers crossing-over. Tedy opětné rozdělení dvou před tím spojených mutací.

Tento jev objevil a popsal již v roce 1910 Thomas Hunt Morgan (1866 - 1945). Také vzdálenost lokusů na chromozomu je udávána podle něho v centiMorganech (cMorganech). Například, pokud je vzdálenost lokusů na chromozomu 30 cMorganů, tak bude v tomto případě šance na crossing-over 30%. Stejná šance bude také na revers crossing-over (opětné rozdělení).

Poznámka: Pro běžného chovatele není možné tuto vzdálenost lokusů na chromozomu zjistit. Tím se zabývají pouze v laboratořích molekulární genetiky. Nám však postačí když víme, že tato možnost u rovnocenných mutací existuje a proto s ní musíme ve výpočtech počítat.